Wednesday, August 23, 2006

on consensus

No se si alguno haya oido esto antes, quisiera que lo discutieramos, han escuchado ustedes acerca de consensos entre los arboles de parsimonia y bayesiano?..osea los arboles obtenidos por los dos metodos se unen y se construye un consenso apartir de ellos...me cuentan lo que saben..al parecer me perdi de algo..

Thursday, July 13, 2006

Seminario-discusion del LSB sobre la Presentacion de Colin Patterson en el museo americano, 1981: PUEDEN DECIRME ALGO ACERCA DE LA EVOLUCION?

Daniel advierte que se debe antes que nada hacer una distincion entre las varias interpretaciones que pueden darsele a la palabra evolucion...existen basicamente dos corrientes o ideas acerca de la evolucion. La evolucion vista como darwinismo y neodarwinismo, o la preocupacion por procesos, la forma contemporanea en que se ve la evolucion. Por otro lado una referencia hacia la evolucion como una idea acerca de que los organismos cambian, por lo tanto existen diferencias y el por que no es una preocupacion relevante.

Seguido de esto surgen una ciertas posiciones:
1. Es dificil ser tabula rasa y ademas esta posicion no tiene importancia.
2. Al menos en lo que concierne a la sistematica filogenetica la transformacion no esta bajo discusion..Erika e Ivonne coinciden en afirmar que podria denominarse como background knowledge, Salvador aunque coincide tambien deja claro que le disgusta la referencia popperiana!.
3.La cladistica no tiene como fin facilitar la decision sobre si existe o no la evolucion, simplemente se toma la evolucion como base para generar agrupamientos.

Surge por parte de Ivonne (quien sirvio de moderadora, escribiente y secretaria..what a handy girl!!) una pregunta..¿podriamos hacer cladistica sin una referencia hacia la evolucion?

Aqui entramos a discutir una de las posiciones de agnosticismo hacia la evolucion mas radicales, son los comunmente conocidos como los cladistas de patrón. ciertamente la posicion de Pleijel es una aun mas radical y corre con el riesgo de que algunas de sus agrupaciones no
sean historicas al enfocarse exclusivamente en los caracteres.

La otra posicion genero uno de los metodos mas controvertidos de la sistematica, Three Item Statements, este metodo tanto como esta linea de pensamiento esta representada por Platnick y Nelson. Esta linea de pensamiento se preocupa exclusivamente por las agrupaciones y consideran que los caracteres son importantes dependiendo del numero de agrupaciones que este sugiera.


Se sientan algunas posiciones Erika, Salvador e Ivonne sostienen un NO, Daniel dice que SI. Salvador da el ejemplo del sistema solar sin el conocimiento de la gravedad..la teoria de la gravitacion sirvio para atar cabos..smoking guns como diria Clealand!!!!!!. Anteriormente teniamos los planetas dando vueltas pero nadie sabia ni tenia una buena razon para explicar el porque..la gravedad resolvio el problema.

Daniel acusa a Salvador acerca de que su argumento es circular, salvador responde diciendo que la circularidad para él es irrelevante.

Daniel dice que podemos hacer agrupaciones solo por las presencias, salvador dice que entonces deberian utilizar bajo esas circustancias una optimizacion de Camin & Sokal, Daniel propone que lo mejor seria una matriz de Sankoff, una optimizacion asimétrica pero en algunos
casos es cero.
0----> 1-----> 0
    1          0

Queda sin resolver el problema de las reversiones, al que los de patron no han querido afrontar..un problema metodologico... Salvador repone que esto deja a los patron perdiendo por lo que lucharon tanto..esto es, las transformaciones solo fueron validas definidas por lo que podemos ver.

un ejmplo de estas posiciones lo muestran las culebras..para Daniel las culebras tienen patas..para Salvador aunque son tetrapodos, no tienen patas.
Daniel responde argumentando que no miramos lo que tenemos que mirar...debemos mirar la cintura. (Daniel y salvador siempre peliando....)

The handy girl propone que establescamos las implicaciones de negar la evolucion:
Las reversiones no serian manejables.
El manejo de los caracteres multiestado seria conflictivo.

The handy girl propone que establezcamos las implicaciones de demasiada evolucion en la cabeza cuando se hace filogenia:
Aparte de que se carga con muchos prejuicios
no podriamos ver los caracteres, se necesitaria poder ver las transformaciones para entender.

Finalizamos con la conclusion de que la evolucion para la mayoria de nosotros no es una pregunta...preguntable!.

Thursday, March 02, 2006

Caso 2: Datos faltantes en un analisis con moleculas

Este es un post a pedido de nuestro amigo Carlos
PREGUNTA: Manejo de datos en un analisis molecular
ANTECEDENTES: Son datos moleculares, tengo, por decir, 80 terminales para 5 genes, pero muchos de ellos solo tienen secuencias para 2 o 3 genes, y son muy poquitos (la mitad) los que tienen todos los genes secuenciados. Tonces quiero saber si hacer mis analisis solo debo usar terminales que tegan todos los caracteres completos o seria bueno incluir tambien terminales que no tienen secuencias para uno o mas genes.
CONSULTA: Es bueno incluir en los analisis filogeneticos terminales con muchos caracteres faltantes??

Tuesday, February 28, 2006

Caso 1. Euphoria Euphoriina (Scarabaeidae: Cetoniinae)

Como abre bocas a este blog tenemos el presente caso solitado por nuestro amigo Jesús..
PREGUNTA: Monofilia de Euphoria
ANTECEDENTES DE EUPHORIA: Euphoria es un genro que no esta claramente definido como todo dentro de los Euphorina (los Cetoniini de America), existen cerca de 150 nombres de especies y no hay revisión al momento de la validez de estos. Recientemente alguien dice que solo 42 de los nombres de especies en Euphoria son validos, pero no se muestra la lógica del análisis. 4 géneros conforman los Euphorina: Euphoria, Chlorixanthe (4 species), Stephanucha (6 especies) y Euphoriosis (monotipico). Paulsen en 2004 corre 28s para 9 especies de Euphoria mas 3 Stephanucha y algunos Cetoniini africanos y concluye que Euphoria es polifilético, esto se muestra en un poster: http://esa.confex.com/esa/2004/techprogram/paper_16955.htm
Euphoria tiene 6 grupos de especies, para 3 de estos se cuentan con todos los representantes pero los otrso 3 estan mal representados:
Al momento dispongo de 22 especies de las 42 dadas como validas de Euphoria y de representantes de los otros tres géneros, ni las especies ni los generos están claramente definidos.
LA CONSULTA:
1. Que es mas recomendable dada la pregunta, trabajar a nivel de especies o a nivel de grupos de especies?
2. Euphorina como grupo esta definido solo por su distrubución en America, incluir taxa africanos como outgroup de la misma tribu (Cetoniini) evaluaría la monofilia de esta agrupación?